子宮腺肌症其典型的臨床表現就是繼發痛經，進行性加重，所以一旦檢查發現子宮腺肌症，出現痛經，要根據其病情程度來進行處理。比較輕的痛經，子宮腺肌症也比較輕時，如果有懷孕的機會儘可能的生育，生育可以減輕子宮腺肌症，從而減輕痛經。另外如果是年齡<45歲的女性，有子宮腺肌症也比較輕，可以口服短效避孕藥來緩解痛經的發生。痛經時還可以使用止痛藥物，包括吲哚美辛栓等類藥物。另外如果已生育過的女性可以上曼月樂環，因為曼月樂可以減少痛經的發生。如果子宮過大，痛經嚴重，生育也已完成，還可以切除子宮來緩解痛經症狀。痛經的症狀、程度與子宮腺肌症的程度並沒有直接關係，有些人子宮腺肌症很輕但是痛經很重，而有些人子宮腺肌症很重，痛經並不是十分嚴重。