大多數卵巢囊腫不會影響月經，但有以下幾種情況可能會影響月經：
一、子宮內膜異位症囊腫，子宮內膜異位症囊腫中，大概有20%-30%的患者會有月經量增多、經期延長和月經淋漓不盡。月經異常可能是跟子宮內異位病灶，破壞卵巢組織、影響卵巢功能有關，也有可能有些患者合併子宮腺肌症或者子宮肌瘤。
二、內分泌功能的卵巢腫瘤，比較常見的有顆粒細胞瘤、卵泡膜細胞腫瘤，還有比較少見的睪丸母細胞瘤，這些有內分泌功能的卵巢腫瘤會分泌雌激素或者雄激素，會導致月經的紊亂。
三、囊腫比較大，破壞了卵巢的實質，這種腫瘤壓迫導致卵巢功能下降，也會導致月經的改變。