氯碘喹啉乳膏，通常是不用於治療滴蟲性陰道炎的，它主要治療皮膚或者黏膜的真菌性感染。而滴蟲性陰道炎，並不是因為真菌感染所導致的，滴蟲性陰道炎是因為陰道毛滴蟲感染所導致的。
對於滴蟲性陰道炎的治療，目前臨床上常用的是甲硝唑來進行治療。因為滴蟲除存在於陰道內，還存在於尿道等部位，所以不能夠單純通過外用的藥物進行治療。一般臨床上最多見的是採取口服藥物來進行治療，例如口服甲硝唑，來達到治療滴蟲性陰道炎的目的。