生化妊娠和宮外孕存在的本質差異，生化妊娠是概念，並沒有形成真正的胚胎。胚胎自然不會著床於宮內或者宮外，僅僅表現為HCG增高，而經過月經以後HCG會降為正常，沒有發現實質性的胚胎組織。宮外孕則不然，宮外孕患者出現停經以後可以發現，胎囊並沒有著床於子宮腔，而是著床於子宮以外的部分。根據著床的部位不同，可以分為輸卵管妊娠、卵巢妊娠、宮頸妊娠、瘢痕妊娠、腹腔妊娠等。
宮外孕會對機體產生嚴重危害，可以因為破裂或者流產，出現大出血的現象。如果是在宮腔內，比如宮頸妊娠或者瘢痕妊娠，可能造成嚴重的陰道出血。如果在輸卵管或卵巢，會造成嚴重的腹腔內出血。陰道出血可以早期發現，腹腔內出血，往往容易被病情掩蓋，可以出現嚴重的休克，甚至於可以威脅產婦生命。所以生化妊娠和宮外孕存在著本質的區別，無論診斷、治療方法以及對患者的危害都截然不同。