巧克力囊腫也就是卵巢子宮內膜異位囊腫，它是由於異位的子宮內膜在卵巢內生生長，隨著月經多次樣出血，形成了一個存在陳舊性的積血囊腫，囊腫內容物一般像巧克力狀，所以稱為巧克力囊腫。引起內膜異位囊腫的原因現在不清楚，有許多的學說，最常聽到的就是子宮內膜種植學說，它指的是月經期脫落的子宮內膜，破碎的子宮內膜，隨經血逆流經過輸卵管進入腹腔，種植在卵巢的表面或者是盆腔其他的部位，並在該處繼續生長蔓延，形成內膜異位症。
有的時候在人工流產的時候，由於負壓的作用，也會使子宮內膜和宮腔的血倒流入盆腔內，引起子宮內膜異位症。還有許多種學說，但是建議女性朋友在來月經的時候，儘量少做劇烈的活動，少做人工流產，這樣做也可能預防子宮內膜異位症的發生。