所有的卵巢腫瘤都是由於卵巢的細胞發生基因突變導致的，根據細胞異型性的不同，分為良性和惡性。兒童卵巢腫瘤也一樣，也是由於卵巢細胞的基因發生異常改變導致的。一般來說，兒童期出現的卵巢腫瘤多為良性，且以生殖細胞來源腫瘤最常見，比如成熟性畸胎瘤，也有部分為惡性，比如未成熟性畸胎瘤、無性細胞瘤、內胚竇瘤等等。其他如漿液性或粘液性囊腺瘤等等，也多為良性腫瘤。