葡萄胎有惡性的和良性的之分，只有確定是惡性的葡萄胎，才可以採取化療的方法，並不是所有的葡萄胎都需要用化療。現在國內常用的葡萄胎化療藥物，有甲氨蝶呤、放線菌素D、更生黴素 、環磷酰氨、依託泊苷、氟尿嘧啶、長春新鹼等。如果各項檢查考慮是低危的患者，可以採取單一藥物化療，比如可以用甲氨蝶呤。如果確定是高危的患者，則要選擇聯合用藥進行化療，比如可以用氟尿嘧啶和更生黴素。