通常來說，引起畸胎瘤發病的原因目前並不是很清楚，通常認為是多種原因綜合作用的結果，常見有睪丸畸胎瘤、卵巢畸胎瘤，說明如下：
1、睪丸畸胎瘤：通常認為與睪丸創傷、內分泌功能障礙、遺傳因素和感染等因素有一定的關係，患有睪丸下降不全的男性，也就是隱睪的男性，發生睪丸畸胎瘤的可能性會明顯增加，隱睪特別是腹腔內的隱睪，發生惡性改變的幾率會明顯高於正常的睪丸。目前認為，睪丸畸胎瘤可能和局部的溫度升高、血液供應障礙、內分泌失調、性腺發育不全等因素有關；
2、卵巢畸胎瘤：通常認為與環境因素、先天缺陷、染色體異常有關。