判斷畸胎瘤是良性和惡性，並不是依靠大小來判斷。畸胎瘤是最常見的女性卵巢生殖細胞腫瘤，95%以上的畸胎瘤都是良性畸胎瘤，惡性畸胎瘤可能性低於5%。惡性的畸胎瘤常見於絕經後女性，腫瘤增長比較迅速，腫瘤標記物異常增高，合併腹水、惡病質等情況，但這並不是絕對的診斷標準。最準確的方法還是將畸胎瘤切除之後，由病理學家來做出診斷。建議畸胎瘤的患者，如果沒有腹腔鏡手術的禁忌，一旦發現畸胎瘤建議儘早手術，可以排除惡性的可能性，同時能夠預防卵巢囊腫、蒂扭轉等併發症的可能性。