黃體功能不足的治療方法較多，首先針對其發生的原因，調整性腺軸的功能，促使卵泡發育和排卵，以利於正常黃體的形成。首選藥物為克羅米芬，適用於黃體功能不足卵泡期過長者。還可行黃體功能刺激療法，通常用人絨毛膜促性腺激素促進及支持黃體功能，也可行黃體功能替代療法，一般選用天然黃體酮製劑，合成孕激素多數具有溶黃體作用，多不採用。