半夜胃痛根據發病的時間、起病的急緩，其病因是有所不同。如果是急性起病往往考慮是急性胃炎，可能是不潔飲食或辛辣刺激的食物，導致的胃部的損傷出現的胃痛。如果是感染所致，部分患者還會出現噁心、嘔吐，甚至發燒。如果是辛辣刺激的食物所導致，有可能會出現燒心、反酸的症狀。
如果反覆的出現半夜胃痛，這時候考慮就是十二指腸球潰瘍的可能。因為十二指腸球潰瘍與胃酸密切相關，夜間沒有食物中和胃酸，會刺激十二指腸球黏膜的潰瘍面，從而出現夜間痛，進食以後能夠緩解。如果反覆出現這種情況應該及時到醫院就診，行內鏡檢查才能明確診斷。如果是十二指腸球潰瘍，應該進一步地查有無幽門螺桿菌，根除幽門螺桿菌可以降低十二指腸球潰瘍的復發。