藥物流產和無痛人流各有優缺點，藥物流產沒有手術的併發症，同時沒有子宮內膜的創傷，成功率基本上都在90%以上，對生育力的保護是比較不錯的。但是藥物流產有一定藥物流產失敗或者藥流不全的可能性，需要再次清宮，有些合併症比如腎上腺疾病、青光眼、哮喘、帶環懷孕等，這些情況是不能做藥物流產的，同時藥物流產之後，陰道出血時間要稍微長些。
人工流產的優點在於手術時間比較短，手術後的出血時間要比較短，但是無痛人流有一定的手術併發症的可能性，比如手術當中出血、子宮穿孔、臟器損傷、人流綜合徵等，術後可能會對子宮內膜會有損傷，導致宮腔粘連就會導致閉經，甚至永久喪失生育能力。人流之後，如果造成感染會導致盆腔炎、輸卵管積水、日後不孕或者宮外孕的可能性。