常用的婦科腫瘤標誌物有CA125、NB70/K、CA19-9、AFP、CEA、SCCA等，可以輔助診斷子宮頸癌、子宮內膜癌、卵巢癌、內胚竇瘤等惡性婦科腫瘤，也可以間接診斷子宮內膜異位症。還可以檢查婦科腫瘤相關癌基因和腫瘤抑制基因，如Myc基因、C-erb B2基因、P53基因等可以輔助診斷上述腫瘤，還可以定期複查腫瘤標誌物看治療的效果和復發的可能性。