自然流產的原因相對比較多如染色體異常，遺傳基因缺陷。環境因素如孕期接觸放射性，化學性物質等。其母體因素也是佔主要原因，如全身性疾病、生殖器官疾病子宮畸形、內分泌失調、體內孕激素分泌不足，創傷、胎盤內分泌功能不足、 多囊卵巢綜合症，糖尿病，甲狀腺疾病，生殖道炎症，宮頸機能不好等等都與自然流產有一定的關係。