羊水偏多不一定是胎兒畸形。明顯的羊水過多患者多數和胎兒畸形以及妊娠合併症等因素有關係。導致羊水過多的疾病包括胎兒結構畸形、胎兒腫瘤、神經肌肉發育不良、代謝性疾病、染色體或遺傳基因異常。臨床上最常見的胎兒結構畸形與神經系統和消化道畸形最常見。神經系統畸形，主要是無腦兒、脊柱裂等神經管缺陷。神經管畸形因腦脊膜暴露，脈絡膜組織增厚，滲出液增加。中樞吞嚥功能異常，胎兒沒有吞嚥反射，導致羊水產生增加和數減少。消化道畸形主要是食管和十二指腸閉鎖，使胎兒不能吞嚥羊水而導致羊水積聚而發生羊水過多。除了胎兒畸形，比如多胎妊娠、胎盤臍帶的病變或者妊娠期糖尿病、妊娠期高血壓疾病、重度貧血也會導致羊水過多。