胚胎停育的原因包括胚胎本身發育不良，比如有染色體異常或者是基因異常，還有可能是男方的精液有問題，可能是精子的活力比較低，DNA的碎片比較多。
還有可能是女性有子宮發育上的畸形，或者是女性有免疫相關的異常或內分泌相關的異常。內分泌相關的異常，主要指的是甲狀腺功能亢進和甲狀腺功能減低，這兩種疾病都可能引起胚胎停止發育，或者是女性有嚴重的糖尿病、胰島素抵抗。還有可能是女性有免疫相關的異常，常見的是抗磷脂綜合徵，對於這樣的孕婦在懷孕的時候需要給予免疫製劑進行治療，並且需要用抗凝的藥物，常用的是低分子肝素來進行抗凝治療。