胚胎停止發育，一半以上是由於胚胎本身的異常情況所導致。也有一半的是由於母體的因素、父親的因素和環境的因素，對胚胎造成了不良的影響而導致。一般的胚胎本身多數是由於染色體的異常，或者拷貝數的變異，比如微缺失、微重複，這樣導致胚胎的生長發育明顯的異常。如果染色體異常，有結構的異常和數目的異常，比如三倍體、13三體、16三體、18三體、21三體和22三體，以及X單體。由於平衡易位導致缺失和重疊以及嵌合體，也容易引起胚胎的停滯發育。