米非司酮用於早孕流產的時候，如果吃了藥物之後，主要作用就是使胚胎殺死，然後導致終止妊娠，在臨床上吃了米非司酮之後雖然能夠使胚胎停止發育，但是早孕反應並不一定馬上消失，因為體內的激素水平並不會馬上降到非孕狀態，所以在服用米非司酮兩天期間早孕反應可能仍然還會存在。
由於米非司酮口服之後有可能會造成噁心、嘔吐等相應的胃腸道反應，還可能會使原來的早孕反應出現加重情況，但不要緊張，絕大部分在第三天服用米索前列醇之後妊娠產物排出體外，逐漸的早孕反應能夠消失，所以在臨床上建議這個期間飲食上最好是吃容易消化的食物，減輕胃腸道負擔。