病程超過兩個月以上的腹瀉，或者反覆發作間歇期在2~4周之內的腹瀉，稱為慢性的腹瀉。慢性腹瀉可能和腸道慢性的炎症、胃腸功能紊亂以及患有糖尿病、甲亢等有關。可以服用腸炎寧、雙歧桿菌三聯活菌、補脾益腸丸等藥物進行治療。長期的水樣大便，可以用一些止瀉藥如蒙脫石散，糖尿病病人要控制好血糖，甲亢導致的腹瀉，可以服用甲巰咪唑等藥物。