生化妊娠一般不會造成輸卵管阻塞，但是輸卵管阻塞常常有多種原因造成，最多見的原因是慢性炎症，一些子宮內膜異位症等情況也會造成輸卵管不通。
生化妊娠與輸卵管阻塞沒有直接關係，但如果機體已經存在了慢性炎症，或者其他可以導致輸卵管阻塞的疾病，就可能會出現輸卵管不通的現象。首先，生化妊娠這一概念是目前近幾年來才採用，一般沒有發現宮內有胎囊，同時HCG出現增高，陰道出血以後HCG自然降到正常，這種情況稱之為生化妊娠。