治療習慣性流產一般在孕期採取口服孕激素和雌激素，如果有免疫異常，需要口服免疫抑制劑，另外加上口服阿司匹林，皮下注射低分子肝素鈉來治療。
儘量尋找習慣性流產的原因，針對病因進行治療。如果是甲狀腺功能異常引起的習慣性流產，在備孕時要將甲功調節到正常水平。懷孕早期由於受HCG的影響，甲狀腺功能變化較大，因此需要定期複查，及時調整。