兒童心肌炎由多種因素可以引起，比如感染，還有自身免疫性的因素，另外還有物理、化學因素，都可以引起心肌炎。疾病的病因有很多，最常見的病因有病毒感染，還有細菌、真菌、螺旋體、原蟲、蠕蟲等，也可以引起心肌炎，但這種就相對比較少點。
還有些非感染性的因素可以導致，比如藥物、毒物，另外就是放射線、心血管的疾病，還有鉅細胞心肌炎、結節病等也可以引起。臨床上最常見的病毒，柯薩奇B組病毒、脊髓灰質炎病毒等，還有流感病毒、EB病毒、鉅細胞病毒、風疹，以及單純皰疹、腦炎、肝炎，還有人體的免疫缺陷性疾病，都可以引起心臟兒童的心肌炎發作。發生心肌炎以後一定要儘快到醫院去就診，使孩子早日康復、得到治療。