胎兒宮內發育遲緩的原因包括母體營養的供應、胎盤轉運和胎兒遺傳的潛能。實際上這種病因非常複雜，主要的危險因素就是母體因素，包括營養因素，比如孕婦偏食、妊娠劇吐、攝入的蛋白質和維生素以及微量元素不足，還有胎兒出生體重於母體血糖水平也呈正相關，所以需要控制血糖，但也不能出現低血糖的情況，而妊娠期的合併症和併發症，比如高血壓、多胎妊娠、胎盤早搏、過期妊娠、妊娠期膽內膽汁淤積綜合徵以及心臟病、腎炎、貧血、抗凝脂綜合徵以及甲狀腺功能異常、自身免疫性疾病都可以使胎盤血流量減少。
還有孕婦的年齡、地區、提高、體重、身高、經濟狀況、指骨發育的畸形以及煙、酒、毒，還有宮內感染母體接觸了放射線或者有害物質，以及孕婦應用了苯妥英鈉或者華法林等藥物，這是引起發育遲緩的母體因素。還有胎兒自身的原因，比如生長激素，胰島素樣生長因子，還有術瘦等調節胎兒生長發育的一些物質，在其血中降低了，也會影響胎兒內分泌和代謝異常。胎兒本身的基因或者染色體異常，結構的異常，也會影響到他的發育，如果出現一些異常的胎盤和臍帶，也會引起胎兒的生長受限。