小兒腹瀉的治療原則，是調整飲食、預防和糾正脫水、合理用藥、加強護理、預防併發症。常用的藥物，如下：
一、控制感染，大多數腹瀉是由病毒和非侵襲性細菌所致，一般原則上不用抗生素，若需要用要根據大便細菌培養和藥物敏感試驗結果進行調整，常用的抗生素有慶大黴素、卡那黴素、氨苄青黴素、紅黴素、環丙沙星、頭孢黴素等等。
二、微生態療法，有助於恢復腸道正常菌群的生態平衡，抑制病原菌定植和侵襲，控制腹瀉常用雙歧桿菌。
三、腸黏膜保護劑能吸附病原體和毒素，維持腸細胞的吸收和分泌功能，常用蒙脫石散。
四、補鋅治療，世界衛生組織最新介紹，對於急性腹瀉的小兒可以給予口服元素鋅。
五、補液，輕中度的脫水口服補液，重度脫水靜脈補液。