小兒腸套疊病因不明，一般來講和病人的飲食有關，某些飲食以及蛔蟲等刺激造成腸管兒蠕動失調，其次還與腸管解剖因素有關，比如腫瘤，紫癜等也可以誘發小兒腸套疊的發生，不過最為常見的還是原發性的，沒有器質病變。