病因尚無明確結論，早期認為該病為先天性膽管發育異常，與胚胎期第4～10周膽管系統發育停頓或紊亂有關，然而，對大量流產或早產兒膽道系統的解剖卻並未發現過膽道閉鎖，相反近年研究有更多證據支持此病為後天形成，部分病兒出生時有正常黃色大便，數週後才出現灰白色大便及黃疸，也提示這些病兒膽道梗阻出生後才發生，此外，病理檢查發現肝臟組織呈炎症性變化，肝門及膽管周圍有炎症細胞浸潤，肝小葉發生微小膿灶或侷限性壞死，膽管閉塞處肉芽組織形成，通過對肝外膽道閉鎖和新生肝炎的對比病理研究，發現兩者肝組織病變相似，僅程度不同，肝外膽道閉鎖以膽管膽栓和炎症病變表現為主，而嬰兒肝炎肝細胞壞死表現更突出，因此現在認為膽道閉鎖可能是一種與嬰兒肝炎病理過程相似的獲得性疾病，出生後所見的膽道閉鎖是炎症過程的終末階段和結局，炎症破壞致使膽管纖維瘢痕化並且閉塞，引起炎症的病因以病毒感染為主，如乙肝病毒，鉅細胞病毒等，也可能是風疹病毒，甲型肝炎病毒或皰疹病毒，有學者提出胰膽管匯合部位異常也可能是膽道閉鎖發生的先天性因素。