膽道閉鎖的具體原因目前是沒有完全清楚的，但是有幾個高危的因素或是懷疑的因素。第一、就是從遺傳方面講，是本身合併有各種畸形的發育，膽道閉鎖的同時可能會合併有血管發育異常、內臟異位等畸形，可能是基因層面決定了胚胎髮育過程中，原始膽管的空泡化過程障礙；2.種可能性是在胚胎髮育過程中受細菌或病毒感染，導致不斷的出現膽管炎症、狹窄，最終閉鎖；3.有自身免疫性膽管炎，與病毒細菌感染比較類似，是引起膽道自身炎症，也可以引起膽管的狹窄。