目前認為膽道閉鎖是一種先天性的疾病，是一種進展性的硬化性病變。一般來說大部分的新生兒不是完全性的閉鎖，出生以後還能夠排洩膽汁隨著病情的進展，逐漸演變成完全性的閉鎖。這可能胚胎期發育障礙，比如說膽管無空泡化和空泡化不完全所造成的，這和染色體的異常有密切的關係。另外某些病毒感染，比如說，乙型肝炎病毒和鉅細胞病毒，EB病毒等也可以造成這種情況的發生。