膽道閉鎖目前認為可能是一種先天性疾病，但其具體的發病機制尚不完全明確。其發生的原因可能是在胚胎髮育過程中，由基因層面決定的原始膽管在進一步發育，空泡化過程中出現障礙，或者是在發育過程中有出現病毒和細菌等感染，或者是合併有自身免疫性膽管炎、硬化性膽管炎等出現反覆的膽管炎症，狹窄，久而久之最終導致閉鎖。