先天性食管閉鎖的診斷主要以食管造影作為診斷依據。先天性食管閉鎖經確診以後，儘早的進行手術治療 、糾治畸形。手術前應適當的補液；糾正脫水和電解質失衡的情況；防止吸入性肺炎；給予抗生素進行預防性抗感染治療，保持體溫正常。一旦出現體溫偏高等感染的症狀，是不能進行手術的，需要先進行控制感染，待感染控制住以後，再考慮手術。