單純的新生兒肺炎治癒後不易復發。如果新生兒合併有先天性呼吸道畸形如支氣管肺發育不良、氣管軟化及胸廓畸形，或者合併有先天性免疫功能低下，具有以上情況的新生兒肺炎治癒後會經常復發。另外，小於胎齡早產兒、低出生體重兒及後天營養不良的小嬰兒，容易出現肺炎，治療較困難且容易復發。加強孕期保健，減少早產兒及先天性畸形兒的出生，能有效降低新生兒難治性複發性肺炎的出現。