新生兒胎糞吸入綜合徵的治療的時間，要根據新生兒自身病情的嚴重程度而定，一般治療時間約在1-2周之間。如果胎糞吸入綜合徵臨床症狀比較輕，不需要呼吸機支持治療，一般經過一週左右的治療就可痊癒。
如果胎糞吸入合併有呼吸窘迫綜合徵，或者是有肺氣漏以及重症的肺部感染，則需要呼吸機支持治療，要等待撤離呼吸機及感染控制，病程至少在兩週左右，甚至更長時間。