對於新生兒的疾病根據發病的不同，一般常見的疾病可分為如下：新生兒窒息，胎糞吸入綜合徵，新生兒肺透明膜病，新生兒感染性肺炎，新生兒出血症，新生兒黃疸，新生兒溶血病，新生兒缺氧缺血性腦病，新生兒顱內出血，新生兒敗血症，新生兒破傷風，新生兒寒冷損傷綜合徵，新生兒壞死性小腸結腸炎，新生兒低血糖和高血糖，新生兒持續肺動脈高壓等。