新生兒臍炎最常見的病原體是金黃色葡萄球菌，然後是大腸埃希菌、銅綠假單胞菌和溶血性鏈球菌。新生兒臍炎一般是臍部在細菌入侵臍周圍的蜂窩組織以後引起的臍部炎性感染。多數的孩子可能與臍帶結痂的時候臍帶殘端處理不當，病原微生物入侵體內造成繁殖形成的殘端感染。
還有的是在孩子臍帶沒有完全脫落的時候，大人沒有注意做臍部的認真護理，或者汙染孩子的臍部造成細菌入侵，也有可能發生臍部感染。有些孩子臍部感染之後有明顯的殘端紅腫伴有膿性分泌物，這時一定要及時帶孩子到醫院就診，必要時局部抗感染或者進行膿腫的切開引流，避免因為臍部感染進一步造成敗血症。