治療新生兒敗血症，其中有一項最重要的內容就是抗生素的選擇。在血培養結果未出來之前，醫生會根據當地流行病學特點、臨床經驗及發病特點，經驗性的選擇抗生素。如果血培養有細菌生長，在送檢3天后有一個初步報告有細菌生長，但是不清楚具體的細菌種類名稱。第5-7天，就可以培養出準確的細菌菌落及測出其敏感藥物，醫生會根據藥敏結果及臨床症狀來選擇或者更換抗生素。