腺樣體肥大手術一般沒有明顯的後遺症。在一部分患兒會出現術後的扁桃體肥大增生和鼻咽部淋巴組織的增生，從而再次阻塞呼吸道，導致患兒症狀復發。此時可以切除扁桃體或再次切除鼻咽部增生的淋巴組織，以改善通氣。一些患兒術後可能由於腺樣體切除後分泌功能下降和瘢痕組織增生，出現鼻咽部乾燥的感覺，這種情況會逐步慢慢恢復而緩解。