皰疹性咽峽炎的皰疹部位僅限於咽峽部位，去軟顎、懸雍垂、舌顎弓、扁桃體、咽後壁等口腔後部出現灰白色小皰疹，周圍赤紅，1-2天內皰疹潰破形成潰瘍，口腔及身體其他部位不見有皮疹或者皰疹。而手足口病在口腔內可見散發性的皰疹或者潰瘍，多位於舌、頰粘膜和硬顎等處，此外患兒手掌、腳掌、臀部、肘關節及膝關節等部位也可見散在皮疹或者皰疹。