小兒癲癇是一個很複雜的疾病，不同類型的預後會有差異。多數的孩子如果進行及時的對症治療之後，可能有80%的患兒會隨著年齡的增大得到比較好的控制，其中有50%的孩子可能停藥之後終身不再發作，所以小兒癲癇長大之後是否能好與疾病類型有關，另外也與疾病的控制情況、用藥情況有關。有些孩子可能是因為苯丙酮尿症導致癲癇的發作，所以這個時候如果不控制苯丙氨酸濃度，癲癇就很難控制。另外嬰兒痙攣症在新生兒期比較容易出現，可能會出現長時間的反覆發作、用藥效果不佳的狀態。