小兒感染性心內膜炎抗感染療程是比較長的，一般需要做致病菌培養和藥物敏感度檢測，有時還需要監測多次，以尋找最佳用藥方案。選擇敏感的抗生素，4~6周為一個療程。如果是血培養陰性，也可選擇青黴素和氨基糖甙類藥物治療兩個星期。如果是復發型的小兒感染性心內膜炎，也可以按照上述要求治療，但是治療的療程會更長。