抗微生物藥物治療為最重要的治療措施。用藥原則早期應用，在連續3到5次血培養後即可開始治療。充分用藥，大劑量、長療程應用殺菌性抗微生物藥物。靜脈用藥為主，保持高而穩定的血藥濃度。病原微生物並不明顯時，急性者選用針對金黃色葡萄球菌、鏈球菌和革蘭陰性桿菌都有效的廣譜抗生素素。已知病微生物時，應根據藥物敏感試驗結果選擇抗生素治療。