小兒腦炎的治療，首先是一般治療，要進行生命體徵的監測，吸氧，監護等，同時可以給予退熱治療，必要時可以應用亞冬眠療法，控制驚厥是另一種對症治療方案，可以應用水合氯醛灌腸，安定肌注。對於有呼吸衰竭的患者可以應用氣管插管，呼吸機輔助呼吸，同時給予脫水降顱壓，清除自由基，抗生素以及霧化吸入等。對於重症小兒腦炎患者可以靜點激素類藥物。