小兒感染性心內膜炎在治療不及時或發展迅速時可能會併發眼部疾病，嚴重可能會導致失明，其中以急性感染性心內膜炎所併發的神經系統病變導致的眼部疾病較為常見。因為急性感染性心內膜炎可能會有感染性贅生物迅速增長。其中大的或多量的贅生物可能會堵塞瓣膜口或肺動脈導致急性循環障礙，導致腦血管栓塞或是眼部動靜脈栓塞，從而引起眼部病變。若治療不及時，嚴重會導致失明。