小兒腦炎是由各種細菌，病毒，結核菌等微生物感染後引起的中樞神經系統的感染。普通細菌感染引起的稱為化膿性腦膜炎，如金黃色葡萄球菌，鏈球菌，流感嗜血桿菌等。特殊細菌結核感染引起的稱為結核性腦膜炎，主要是結核桿菌感染後所致，多為肺結核血行播散後引起。病毒感染稱為病毒性腦炎，常見的病毒有普通腸道病毒，還有單純皰疹病毒，乙腦病毒等等。另外支原體，真菌也會引起腦炎。