影響兒童腦炎預後的因素有多種，比如，大腦病變嚴重程度、感染原的毒力強弱、患兒發病年齡（年齡越小抵抗力相對低下，愈後差易遺留後遺症）、患兒有無基礎疾病（如腎病綜合徵、再生障礙性貧血、白血病等，預後差易遺留後遺症甚至致死）、治療是否及時等。大多數兒童腦炎治療及時，一般預後良好不留後遺症，而對於病情嚴重、大腦瀰漫性病變者預後差，可遺留後遺症比如運動障礙、智力低下、視力或聽力下降等。