小兒感染心內膜炎，栓塞可以發生於身體的多個部位產生不同的症狀。有可能有皮膚栓塞，這個時候就可以看到散在的小瘀點，指趾的屈面可能隆起的紅紫色的結節，有觸痛。還可能栓塞於內臟而導致脾大、腹痛、血尿、便血。如果在腦動脈栓塞，則有頭痛、嘔吐、偏癱、失語抽搐甚至於昏迷等。也有可能導致肺栓塞，會出現胸痛、咳嗽、咯血、肺部溼囉音等。