小兒感染性心內膜炎並沒有首選藥物，而是需要根據藥敏和感染菌來決定藥物選擇。如果是草綠色鏈球菌感染，那麼可以首選青黴素G；如果是金黃色葡萄球菌感染，對青黴素敏感可以選青黴素G，對青黴素不敏感，可以首選苯唑西林；如果是革蘭陰性桿菌或大腸埃希桿菌，首選是氨苄西林；如果是真菌性感染導致的，那麼可以首選兩性黴素等等。