先天性肌性斜頸手術過程並不複雜，首先需要先麻醉，之後保持仰臥姿態，頭部偏向於健康側，在斜頸側胸鎖關節上方大約1.5釐米到2釐米的地方，弄個鎖骨平行的橫切口，然後切開皮膚組織，找到胸鎖乳突肌下端，對胸骨頭和鎖骨頭做斜形切斷。確定完全鬆解之後，在充分止血，逐層縫合。通常只有在保守治療無效的情況下，才需要考慮去做這種手術。