首先應到醫院查明畸形精子出現的原因。出現畸形精子症的病因非常多，有泌尿生殖道感染、腮腺炎併發的睪丸炎、附睪結核、精索靜脈曲張等，它們均可導致畸形精子增加。患者染色體異常以可能導致精子畸形率升高。由感染引起的患者可進行抗炎治療；由內分泌異常所致者，則給予內分泌功能調整；對精索靜脈曲張者，應考慮手術治療。若確診為染色體病，則治療困難，可通過精液培養，人工授精等方式改善不孕情況。