精子畸形的原因有很多。首先吸菸會導致精子畸形，且精子畸形的數目與吸菸時間成正比，吸菸時間越長，精子畸形的數目就越多；還有內分泌失調也會導致畸形率的上升；泌尿生殖系統感染也是造成精子畸形的一個主要的原因，嚴重時更會導致精子直接死亡；酗酒會導致酒精中毒，也會損傷精子，導致精子畸形。除此之外，長期蒸桑拿，使睪丸處於一個高溫環境下，也會導致精子畸形；還有環境汙染，長期使用手機、電腦等電子產品時接受的輻射，也都會導致精子畸形。