精子的畸形率達到了99%是很嚴重的，建議多複查2-3次精液常規，如果結果相同，有以下建議：
第一、積極的參加體育鍛煉活動，增強體質。
第二、從生活習慣上做重大的調整，比如忌菸、忌酒，低鹽、低脂飲食，控制體重，多攝入蔬菜、瓜果、纖維，補充體內必要的維生素和微量元素。
第三、調節情緒、心態，改變精神面貌，保持積極向上、樂觀的心情狀態。同時再輔助使用雄激素，口服雄激素、維生素E以及磷酸二酯酶抑制劑，比如枸櫞酸西地那非片，同時輔助使用中成藥，比如六味地黃丸。通過綜合治療觀察2-3個月，再複查精液常規。
如果有效果可以繼續，如果精子的畸形率變化恢復不明顯，建議儘早去生殖醫學科就診，瞭解有沒有輔助生殖的可能性。